Hướng dẫn kê khai thuế doanh nghiệp mới thành lập năm 2026 

Hướng dẫn kê khai thuế doanh nghiệp mới thành lập là nội dung mà nhiều chủ doanh nghiệp quan tâm ngay sau khi nhận giấy phép kinh doanh để tránh sai sót trong giai đoạn đầu hoạt động. Việc hoàn thiện hồ sơ thuế, đăng ký tài khoản điện tử và thực hiện đúng thời hạn kê khai giúp doanh nghiệp vận hành đúng quy định và thuận lợi hơn trong quá trình hoạt động sau này.

Nội dung chính của bài viết:

• Doanh nghiệp mới thành lập cần hoàn thiện sớm các thủ tục cơ bản như con dấu, tài khoản ngân hàng, chữ ký số và hồ sơ kế toán để thuận tiện cho việc kê khai thuế.
• Các loại thuế doanh nghiệp cần quan tâm gồm thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân, đồng thời cần nắm rõ thời hạn kê khai để tránh nộp chậm.
• Việc sử dụng kê khai thuế điện tử, lưu trữ chứng từ đầy đủ và áp dụng các giải pháp hỗ trợ như của VNPAY sẽ giúp doanh nghiệp quản lý các vấn đề liên quan đến thuế hiệu quả hơn.

1. Thủ tục thuế cho doanh nghiệp mới thành lập 

Sau khi nhận giấy phép kinh doanh, doanh nghiệp cần hoàn thiện các thủ tục thuế và hồ sơ pháp lý cơ bản trước khi hoạt động. Việc chuẩn bị đầy đủ ngay từ đầu giúp quá trình kê khai, sử dụng hóa đơn và vận hành doanh nghiệp thuận lợi hơn.

1.1. Khắc con dấu công ty

Doanh nghiệp nên khắc con dấu ngay sau khi được cấp giấy phép kinh doanh để phục vụ giao dịch và hồ sơ pháp lý. Hình thức, số lượng và nội dung con dấu do doanh nghiệp quyết định, thường bao gồm tên công ty và mã số doanh nghiệp, và được sử dụng trong ký hợp đồng, mở tài khoản ngân hàng và các thủ tục hành chính liên quan.

Khắc con dấu công ty là bước cần thực hiện sớm để phục vụ giao dịch và các thủ tục pháp lý của doanh nghiệp (Nguồn: Internet)

1.2. Tài khoản ngân hàng doanh nghiệp

Doanh nghiệp nên mở tài khoản ngân hàng ngay sau khi thành lập để nộp thuế điện tử, thanh toán với đối tác và quản lý dòng tiền minh bạch, đồng thời dùng tài khoản này để đăng ký nộp thuế online và kết nối với chữ ký số. Các khoản chi từ 5.000.000 đồng trở lên cần chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được tính là chi phí hợp lệ và làm cơ sở khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo quy định.

Mở tài khoản ngân hàng doanh nghiệp giúp thuận tiện cho việc nộp thuế điện tử và thanh toán hợp lệ theo quy định

1.3. Chữ ký số 

Chữ ký số là công cụ ký điện tử giúp doanh nghiệp nộp tờ khai thuế, báo cáo tài chính, đăng ký hóa đơn điện tử và kê khai bảo hiểm xã hội mà không cần bản giấy. Hầu hết doanh nghiệp đăng ký chữ ký số từ đầu để thuận tiện cho kê khai thuế điện tử và giao dịch với ngân hàng, bảo hiểm xã hội hoặc các cơ quan quản lý khác.

>> Tìm hiểu thêm: Chữ ký số cho hộ kinh doanh

Chữ ký số giúp doanh nghiệp thực hiện kê khai và nộp hồ sơ thuế điện tử thuận tiện hơn

1.4. Hồ sơ pháp lý cơ bản

Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý cơ bản để thực hiện các thủ tục đăng ký thuế và làm việc với cơ quan quản lý trong giai đoạn đầu hoạt động được thuận lợi. Hồ sơ cơ bản bao gồm:

• Tờ khai đăng ký thuế: Sử dụng mẫu 01-ĐK-TCT đối với doanh nghiệp mới thành lập hoặc mẫu 02-ĐK-TCT đối với chi nhánh, văn phòng đại diện.
• Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp: Chuẩn bị bản sao có công chứng để đối chiếu và lưu hồ sơ.
• Giấy tờ định danh: Bản sao công chứng CCCD/Thẻ Căn cước hoặc hộ chiếu của người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp.
• Giấy ủy quyền: Áp dụng trong trường hợp người đi nộp hồ sơ không phải là người đại diện theo pháp luật.

1.5. Hồ sơ về tổ chức và chế độ kế toán

Doanh nghiệp cũng cần hoàn thiện các hồ sơ liên quan đến cơ cấu tổ chức và chế độ kế toán để đảm bảo quá trình vận hành và kê khai thuế được đồng bộ. Các hồ sơ cần chuẩn bị bao gồm:

• Quyết định bổ nhiệm: Bao gồm quyết định bổ nhiệm Giám đốc và Kế toán trưởng nếu doanh nghiệp đã có các vị trí này.
• Công văn đăng ký hình thức kế toán và hóa đơn: Doanh nghiệp cần thông báo lựa chọn chế độ kế toán phù hợp như Thông tư 200/2014/TT-BTC, Thông tư 133/2016/TT-BTC hoặc Thông tư 132/2018/TT-BTC, đồng thời đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.
• Đăng ký phương pháp trích khấu hao tài sản cố định: Nếu doanh nghiệp có tài sản cố định, cần thông báo phương pháp trích khấu hao áp dụng trước khi thực hiện hạch toán khấu hao trong sổ sách kế toán.

2. Các loại thuế phải nộp cho doanh nghiệp mới thành lập 

Doanh nghiệp cần nắm rõ các loại thuế phải kê khai và nộp để chủ động kế toán và thực hiện nghĩa vụ thuế đúng hạn.

2.1. Thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Thuế GTGT là loại thuế phổ biến mà hầu hết doanh nghiệp phải kê khai sau khi hoạt động. Doanh nghiệp có thể áp dụng phương pháp khấu trừ (sử dụng hóa đơn GTGT, kê khai theo mẫu 01/GTGT) hoặc phương pháp trực tiếp (sử dụng hóa đơn bán hàng, kê khai theo mẫu 03/GTGT hoặc 04/GTGT) tùy điều kiện. Thông thường, doanh nghiệp mới thành lập sẽ được lựa chọn kê khai thuế GTGT theo quý trong giai đoạn đầu hoạt động.

Doanh nghiệp sẽ sử dụng hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng tùy theo phương pháp kê khai thuế đã đăng ký

2.2. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Thuế TNDN được tính trên lợi nhuận còn lại sau khi trừ các chi phí hợp lệ và là loại thuế quan trọng cần theo dõi song song với doanh thu và chi phí. Doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập có thể được miễn thuế TNDN trong 03 năm đầu nếu đáp ứng điều kiện, nhưng vẫn phải hạch toán doanh thu, chi phí và tạm tính kết quả kinh doanh định kỳ để phục vụ kê khai và quyết toán thuế.

>> Tìm hiểu thêm: Công thức tính thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp nên sử dụng phần mềm quản lý bán hàng để theo dõi doanh thu và hỗ trợ kê khai thuế TNDN chính xác hơn

2.3. Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Thuế TNCN phát sinh khi doanh nghiệp chi trả lương, tiền công hoặc các khoản thu nhập khác cho nhân viên, và doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay theo quy định thuế. Doanh nghiệp mới thường kê khai TNCN theo quý để đồng bộ với kỳ kê khai GTGT, đồng thời việc theo dõi bảng lương, hợp đồng lao động và chứng từ chi trả đầy đủ giúp kê khai thuận lợi và chính xác hơn.

>> Tìm hiểu thêm: Các khoản thuế doanh nghiệp phải nộp

Doanh nghiệp cần kê khai và nộp thuế TNCN khi phát sinh chi trả lương hoặc thu nhập cho người lao động

3. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế ban đầu và quy định phạt nộp chậm 

Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được xác định dựa trên loại kỳ tính thuế và đối tượng nộp thuế, cụ thể như sau:

• Khai thuế theo tháng: Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Khai thuế theo quý: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế,,.
• Khai thuế theo năm: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của năm dương lịch hoặc năm tài chính.
• Quyết toán thuế năm:
  • Đối với doanh nghiệp: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính,.
  • Đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế thu nhập cá nhân: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 4 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch.
• Trường hợp đặc biệt (Nghị định 141/2026/NĐ-CP):
  • Hộ kinh doanh/cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 01 tỷ đồng trở xuống chỉ cần thông báo doanh thu thực tế phát sinh chậm nhất là ngày 31 tháng 01 của năm tiếp theo.
  • Nếu doanh thu trên 01 tỷ đồng, phải thực hiện khai thuế kể từ quý phát sinh doanh thu vượt mức này.

Kể từ ngày 01/01/2026, các hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế sẽ bị xử phạt theo mức độ vi phạm (dựa trên số ngày chậm nộp):

4. Hướng dẫn kê khai thuế online cho doanh nghiệp mới thành lập

Hiện nay, phần lớn doanh nghiệp đều thực hiện kê khai online thông qua website thuedientu.gdt.gov.vn.

Bước 1: Đăng nhập hệ thống

Truy cập website thuedientu.gdt.gov.vn và đăng nhập bằng mã số thuế doanh nghiệp, mật khẩu và chữ ký số.

Bước 2: Chọn mục kê khai thuế

Sau khi đăng nhập thành công, chọn mục “Kê khai”, sau đó chọn loại tờ khai phù hợp như:

• 01/GTGT.
• 03/GTGT.
• Tờ khai thuế TNCN.

Tiếp theo lựa chọn kỳ kê khai theo quý.

Bước 3: Nộp tờ khai

Hệ thống hiển thị danh sách các tờ khai đã nộp. Người nộp thuế kiểm tra lại và chọn Ký và nộp tờ khai.

5. 04 lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp mới thành lập

Doanh nghiệp mới thường tập trung bán hàng, dễ bỏ sót thủ tục thuế, chuẩn bị và theo dõi ngay từ đầu giúp hạn chế sai sót kê khai và quản lý hồ sơ sau này:

• Không nên chờ có doanh thu mới kê khai thuế: Doanh nghiệp vẫn cần nộp tờ khai định kỳ theo quy định kể cả khi chưa phát sinh hoạt động kinh doanh hoặc chưa có doanh thu.
• Nên mở tài khoản ngân hàng và mua chữ ký số sớm: Đây là hai yếu tố cần thiết để doanh nghiệp thực hiện nộp thuế điện tử và các thủ tục kê khai online thuận lợi hơn.
• Xác định đúng phương pháp kê khai thuế GTGT ngay từ đầu: Việc lựa chọn phương pháp khấu trừ hay trực tiếp sẽ ảnh hưởng đến loại hóa đơn và cách kê khai sử dụng trong quá trình hoạt động.
• Chủ động lưu trữ hóa đơn, chứng từ và hợp đồng: Hồ sơ được lưu trữ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp thuận tiện hơn trong công tác kế toán, đối chiếu số liệu và quyết toán thuế sau này.

Doanh nghiệp mới thành lập nên chủ động theo dõi thời hạn kê khai và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ để quá trình vận hành diễn ra thuận lợi hơn

6. Câu hỏi thường gặp

6.1. Thời hạn kê khai thuế lần đầu cho doanh nghiệp mới là khi nào?

Dựa trên Nghị định 373/2025/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 126/2020/NĐ-CP):

• Thuế GTGT: Người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý.
• Thuế TNCN: Nếu đủ điều kiện khai thuế GTGT theo quý thì cũng được lựa chọn khai thuế TNCN theo quý.
• Thời hạn cụ thể:
  • Nếu khai theo quý: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên thuộc quý tiếp theo quý bắt đầu hoạt động.
  • Nếu khai theo tháng: Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.

6.2. Các ưu đãi thuế cho doanh nghiệp mới thành lập gồm những gì?

Doanh nghiệp mới thành lập, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và vừa, có thể được hưởng một số chính sách ưu đãi thuế nhằm hỗ trợ giai đoạn đầu hoạt động:

• Miễn thuế 03 năm đầu: Doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm liên tục kể từ năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế. Trường hợp chưa phát sinh thu nhập chịu thuế, thời gian miễn thuế có thể được tính từ năm thứ 04 kể từ khi thành lập.
• Ưu đãi theo dự án đầu tư: Một số dự án thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư có thể được miễn thuế tối đa 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong tối đa 04 năm tiếp theo theo quy định hiện hành.

6.3. Mức phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế là bao nhiêu?

Mức phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế sẽ phụ thuộc vào số ngày chậm nộp và tình trạng phát sinh thuế của doanh nghiệp. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp có thể bị: 

• Phạt cảnh cáo: Nộp chậm từ 01 - 05 ngày có tình tiết giảm nhẹ.
• Phạt từ 2.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng: Đối với các trường hợp chậm nộp kéo dài từ trên 30 ngày đến trên 90 ngày. 
• Phạt đến 25.000.000 đồng: Trường hợp chậm nộp quá 90 ngày và có phát sinh thuế phải nộp.

Hướng dẫn kê khai thuế doanh nghiệp mới thành lập không chỉ giúp doanh nghiệp hoàn thiện đúng các thủ tục ban đầu mà còn tạo nền tảng quản lý tài chính rõ ràng ngay từ khi bắt đầu hoạt động. Việc chủ động theo dõi thời hạn kê khai, lưu trữ chứng từ đầy đủ và ứng dụng các giải pháp thuế điện tử sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian trong quá trình vận hành.

Để biết thêm thông tin về các giải pháp kinh doanh, người bán có thể liên hệ ngay VNPAY để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời:

• Hotline: *3388 
• Email: hotro@vnpay.vn
• Đăng ký tư vấn: Tại đây

*Thông tin mang tính tham khảo, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp nên tra cứu các văn bản pháp luật mới nhất hoặc liên hệ cơ quan thuế để áp dụng đúng quy định.